学院创建于1978年12月。校名为北京化工学院第一分院，校址位于什刹海湖畔。当年招收575名学生。

   1983年4月，市委、市政府对大学分校进行调整，学院更名为北京化工学院分院。

   1985年5月，学院加入北京联合大学，更名为北京联合大学化学工程学院。

   1992年4月27日，学院新址在朝阳区垡头小区奠基。

   1996年8月迁入新址（朝阳区垡头西里三区18号）。

   2002年6月15日，学院更名为北京联合大学生物化学工程学院，北京市委副书记龙新民、市教委主任耿学超、市教工委副书记夏强等有关领导到会祝贺。

   2008年11月24日，北京市化工学校整体并入学院，办学空间进一步扩大。

   学院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入学习贯彻党的二十大精神，以习近平关于教育的重要论述和对北京重要讲话精神为遵循，贯彻落实北京市第十三次党代会和学校第六次党代会精神，按照市委市政府、校党委工作部署，以加强党的政治建设为统领，统筹疫情防控和学院事业发展，压紧压实全面从严治党（党建）主体责任，以学科建设为龙头，以专业认证为抓手，推进“大思政课”建设，扎实推进校院“十四五”规划，进一步提高人才培养能力和水平，推动学院高质量发展。